Antikva – 16. század
Az antikva gyűjtemény az 1501–1600 között külföldön nyomtatott, idegen nyelvű (főleg latin, német, ógörög) munkákat foglalja magába. A gyűjtemény 7.503 kötetben 10.352 bibliográfiai egységből áll. A számok közötti eltérés abból adódik, hogy a korábbi tulajdonosok gyakran köttették egybe gyűjteményük tematikusan összetartozó darabjait (kolligátum).
Az antikva gyűjtemény legértékesebb része a már az ún. ősállományban, a znióváraljai, vágsellyei vagy a nagyszombati gyűjteményben is meglévő XVI. századi művek.
A tulajdonosbejegyzések között feltűnnek magyarországi egyházi méltóságok (pl. Mossóczy Zakariás nyitrai püspök) és főurak is (pl. Istvánffy Miklós), de hazai (pl. Zsámboky János) és külföldi (pl. Nicasius Ellebodius) humanisták is. Tematikájuk sokszínű: találunk Bibliákat, egyháztörténeti és kánonjogi munkákat, latin és ógörög szövegkiadásokat, különféle természettudományos (pl. botanikai, csillagászati) munkákat.
A gyűjtemény szerző és cím alapján teljes egészében kereshető az online katalógusban, de az egyes példányokra vonatkozó részletes leírások elkészítése folyamatosan zajlik.
Barokk – 17. század
A barokk gyűjtemény az 1601–1700 között külföldön nyomtatott, idegen nyelvű (főleg latin és német, kisebb mértékben francia, ógörög és héber) munkákat foglalja magába. A gyűjtemény 11.107 kötetben 15.027 bibliográfiai egységet foglal magába (a számok közötti eltérés az egybekötött darabok, ún. kolligátumok következménye). Tematikáját tekintve túlsúlyban vannak az ellenreformáció és a reformáció szellemi termékei, illetve a jezsuita oktatásban használt munkák (főleg hitvédelem, teológia, skolasztikus irodalom), míg a természettudományos területek háttérbe szorulnak.
A gyűjtemény nagymértékű gyarapodásának okai főleg a jezsuita könyvbeszerzések, a XVIII. század végi abolíció (bizonyos szerzetesrendek eltörlése) idején a szerzetesrendektől az Egyetemi Könyvtárba átszállított anyag bekerülése, illetve a XX. században feloszlatott szerzetesrendek könyvanyagának a könyvtár tulajdonába kerülése.
A gyűjtemény teljes egészében kereshető az online katalógusban.
18. századi gyűjtemény
A gyűjtemény kb. 80.000, főleg külföldi nyomtatású, idegen nyelvű (francia, német, latin) kötetet tartalmaz, de 1711 után nyomtatott magyar vonatkozású művek is nagy számban találhatók benne.
Főképp Bibliák, bibliamagyarázatok, egyháztörténeti munkák és kánonjogi, orvosi szakkönyvek, egyéb természettudományos művek, antik szerzők szövegkiadásai, jogi, történelemi és földrajzi munkák alkotják a tematikáját, tükrözve a korszak tudományos érdeklődését.
A gyűjtemény nagy része egyelőre csak az alapkatalógusban kereshető. Az online katalógusban kb. 3.000 műről érhető el leírás; a gyűjtemény feldolgozása folyamatosan zajlik.